මොකක්ද මේ CT Value (COVID 19 PCR Report)

sp4chamara

Well-known member
  • Aug 25, 2008
    3,941
    606
    113
    in My WolRd.
    mcn...අපේ අම්මා virus Symptoms අවා 04-අගෝස්තු (30 - ජුලි තමයි virus එක එන්න ඇත්තේ ..එදා හදිසියේ පාරේ බස් එකේ ගියා 993 මහරගම - පන්නිපිටිය )..අපි නොර්මල් බෙහෙත් ගත්තා අඩු උනේ නෑ ..07 - අගෝස්තු අපි Antigen එකක් කරලා එයා positive උනා ..නිරෝධායන මධස්ථානයට යැව්වා ...දවස් 10 කට පස්සේ 16 - අගෝස්තු එයාව ගෙදර එව්වා තව දවස් 4ක් නිරෝධායන වෙන්න කියලා ...

    අපිට කිසිම රෝග ලක්ෂණයක් නැහැ අද වෙනකන් ...( අම්මට symptoms අපු දවසෙම එයාව isolate කරලා වෙනම room එකක mask දාන්න කිව්වා )..අම්මටත් antigen නොකර තමයි නිරෝධායන මධස්ථානයෙන් එවලා තියෙන්නේ ...මට දැනගන්න ඕනි දැන් අම්මා ගෙදර ආව නිසා තවත් එයාගෙන් virus එක පැතිරෙන්න පුලුවන්ද .( තාම එයට පොඩි කැස්සක් තියෙනවා. වෙන මොනවත් නෑ )...කොච්චර කාලයක් එයාගෙන් අපිට ( pregnant wife ඉන්නවා ) බෝවෙන්න හැකියාවක් තියෙනවද ?

    අම්මා positive වෙනකොට vaccine එක 1 dose ( Sinopharm )අරගෙන සති 3ක් වෙනවා ...අද වෙනකොට 5ක් වෙනවා.
    තාත්තා අද වෙනකොට සති 5ක් වෙනවා ( 2 dose ගත්තේ නෑ තාම නිරෝධායන නිසා )
    මට සති 4ක් වෙනවා 1 dose ( 2 dose ගත්තේ නෑ තාම නිරෝධායන නිසා )
    wife සති 3ක් වෙනවා ( pregnant )
    නංගි සති 2ක් වෙනවා

    අපි හැමෝගෙම දවස් 14 antigen test එක කරන්න තියෙන්නේ 14 - අගෝස්තු ..( මේ සතියේ සෙනසුරාදා )
     
    Last edited:

    SLBlackKnight

    Well-known member
  • Sep 17, 2010
    7,529
    6,359
    113
    Lyon
    කොරෝන නැති උන්ටත් වෙන රෝග ලක්ෂණ වලට test කරගන්න ගියහම PCR positive කියලා හොරට දෙනවද බං.ගොඩක් රට ඉඳල ඵන අයටත් ඵහෙම වුනා කියල පහුගිය කාලෙ කථාවක් ගියා.ඵහෙම හොරට දුන්නොත් සැක නම් කරන්න ඕන මොකක්ද?
     

    divoomdelux

    Well-known member
  • Apr 8, 2009
    4,465
    1,338
    113
    Srilanka
    mcn...අපේ අම්මා virus Symptoms අවා 04-අගෝස්තු (30 - ජුලි තමයි virus එක එන්න ඇත්තේ ..එදා හදිසියේ පාරේ බස් එකේ ගියා 993 මහරගම - පන්නිපිටිය )..අපි නොර්මල් බෙහෙත් ගත්තා අඩු උනේ නෑ ..07 - අගෝස්තු අපි Antigen එකක් කරලා එයා positive උනා ..නිරෝධායන මධස්ථානයට යැව්වා ...දවස් 10 කට පස්සේ 16 - අගෝස්තු එයාව ගෙදර එව්වා තව දවස් 4ක් නිරෝධායන වෙන්න කියලා ...

    අපිට කිසිම රෝග ලක්ෂණයක් නැහැ අද වෙනකන් ...( අම්මට symptoms අපු දවසෙම එයාව isolate කරලා වෙනම room එකක mask දාන්න කිව්වා )..අම්මටත් antigen නොකර තමයි නිරෝධායන මධස්ථානයෙන් එවලා තියෙන්නේ ...මට දැනගන්න ඕනි දැන් අම්මා ගෙදර ආව නිසා තවත් එයාගෙන් virus එක පැතිරෙන්න පුලුවන්ද .( තාම එයට පොඩි කැස්සක් තියෙනවා. වෙන මොනවත් නෑ )...කොච්චර කාලයක් එයාගෙන් අපිට ( pregnant wife ඉන්නවා ) බෝවෙන්න හැකියාවක් තියෙනවද ?

    අම්මා positive වෙනකොට vaccine එක 1 dose ( Sinopharm )අරගෙන සති 3ක් වෙනවා ...අද වෙනකොට 5ක් වෙනවා.
    තාත්තා අද වෙනකොට සති 5ක් වෙනවා ( 2 dose ගත්තේ නෑ තාම නිරෝධායන නිසා )
    මට සති 4ක් වෙනවා 1 dose ( 2 dose ගත්තේ නෑ තාම නිරෝධායන නිසා )
    wife සති 3ක් වෙනවා ( pregnant )
    නංගි සති 2ක් වෙනවා

    අපි හැමෝගෙම දවස් 14 antigen test එක කරන්න තියෙන්නේ 14 - අගෝස්තු ..( මේ සතියේ සෙනසුරාදා )
    Ammata ayeth antigen/ PCR kranna yana epa mchn,, ehema karanneth nehe mokada masayak dekak yanakal positive wenwa.. antigen eka positive wela dawas 14 giyata passe bo wenna thiyena chance eka dui,, namuth thawa sathi dekak wath yanakal mask daala distance maintain krnne,,, positive une 7th ne,, e hinda eda indan sathi 4kin vaccine 2nd dose eka gahaganna..
    oholloge PCR eka karaganna.. 14th kiynne pahu wela neda???? kalada?

    කොරෝන නැති උන්ටත් වෙන රෝග ලක්ෂණ වලට test කරගන්න ගියහම PCR positive කියලා හොරට දෙනවද බං.ගොඩක් රට ඉඳල ඵන අයටත් ඵහෙම වුනා කියල පහුගිය කාලෙ කථාවක් ගියා.ඵහෙම හොරට දුන්නොත් සැක නම් කරන්න ඕන මොකක්ද?
    ehema denne nehe mchn, PCR eka mechine eken ne read wenne.. eken thamai result eka denne.. danne ithin ape ayyala okath horata print krnwada kiyla,, ehemath un inne.. CT value eka balanna,, eka 3ota wedinam awulak nehe
    ------ Post added on Aug 18, 2021 at 11:25 AM
     
    • Like
    Reactions: sp4chamara

    sp4chamara

    Well-known member
  • Aug 25, 2008
    3,941
    606
    113
    in My WolRd.
    Ammata ayeth antigen/ PCR kranna yana epa mchn,, ehema karanneth nehe mokada masayak dekak yanakal positive wenwa.. antigen eka positive wela dawas 14 giyata passe bo wenna thiyena chance eka dui,, namuth thawa sathi dekak wath yanakal mask daala distance maintain krnne,,, positive une 7th ne,, e hinda eda indan sathi 4kin vaccine 2nd dose eka gahaganna..
    oholloge PCR eka karaganna.. 14th kiynne pahu wela neda???? kalada?


    sorry mcn...21st Saturday karanna tiyenne....dan antigen karanne nathi katawak kiyanawa....balamu
     

    warwickuni

    Well-known member
  • May 21, 2008
    2,270
    1,646
    113
    This is an extract from a post I made in 14 November 2020 - on the interpretation of the Ct values... This figure clearly shows how the Ct values can reflect on infectivity.

    <snip>

    On a previous post on a Covid Megathread, I have explained in detail how a RT-PCR is done. The Ct value does play a part. The Ct is what's known as the Cycle Threshold - is the number of Cycles needed for the fluorescent signal to cross the threshold above the background. A PCR is done usually to a max of 40 cycles...
    Cts < 29 are strong positive reactions indicative of abundant target nucleic acid
    Cts of 30-37 are positive reactions indicative of moderate amounts of target nucleic acid
    Cts of 38-40 are weak reactions indicative of minimal amounts of target nucleic acid which could represent an infection state or environmental contamination.

    So a high CT value is dubious. You cannot rely on Ct after 37 at all. In which case you do another PCR test a few days later. These can be false positives.

    A team of scientists recently did a study more than 3000 cases the graph below shows the results. Ct against infectvity. They did a PCR test and also they did a viral culture using the same swab to independently grow the virus to confirm. The number of Samples N is the PCR test, The number of Samples n is the Virus detected in the culture.
    One can easily see at high Ct values the results are inaccurate. The Global percentage value graph is 100% at low Ct values and then keeps on falling down to zero at Ct around 36. This is well known but only probably not known by an average person.

    Also studies done in several countries (most recently in Brazil) has shown that nearly 35% of patients Ct value of 25 or below were more likely to have severe disease or die.
    <snip>

    View attachment 138922
    can this be elaborated more as to what Cycle Threshold means and how it become relevant to this result.(this is how it is used , but the molecular biology explanation to this phenomenon.
     

    imhotep

    Well-known member
  • Mar 29, 2017
    8,636
    6
    13,438
    113
    can this be elaborated more as to what Cycle Threshold means and how it become relevant to this result.(this is how it is used , but the molecular biology explanation to this phenomenon.
    It's as stated in the post...

    "The Ct is what's known as the Cycle Threshold - is the number of Cycles needed for the fluorescent signal to cross the threshold above the background."

    The RT_PCR process requires a temperature cycling reaction called the amplification cycle. For a single test, the amplification cycle is repeated at least 40 times before obtaining the results. The total number of amplification cycles required to detect the virus’ genetic material or viral RNA is defined as the ‘CT’ value or the Cycle Threshold.

    CT_PCR.jpg


    Note: Background (Baseline) - very little fluorescence. Cycles between cycles 0 and 15, as shown above is known as the background signal.

    Expotential Phase - This is when the amount of PCR product doubles for every PCR cycle. This can be seen in cycles 15 and 25

    Plateau - amplification slows down and ultimately plateau

    The placement of the line is often determined by the qPCR software, however, users can manually place this line as well.
     

    warwickuni

    Well-known member
  • May 21, 2008
    2,270
    1,646
    113
    Please read the first para on the extract I copied. If you could locate my post on the PCR that explains how the PCR is done.

    Very briefly, a PCR is done to quantify a target sequence and it involves amplifcation of the target in real-time via a target-specific fluorescent signal emitted during amplification.
    The process is just like a molecular photcopier. To amplify a small segment of DNA using PCR, the sample is first heated so that it separates into two pieces of single-stranded DNA. Next, an enzyme called "Taq polymerase" is used to synthesize- two new strands of DNA, resulting in the duplication of the original DNA, with each of the new molecules containing one old and one new strand of DNA. Then each of these strands can be used to create two new copies, and so on, and so on. This process is done to 40 times max (cycles) as I mentioned before.

    However, in practice even though the PCR dyes and probes are sequence specific, there's considerable background fluorescence occurs. This signal to noise issue is addressed by two things - a threshold line and the Ct value.
    Threshold line is the level of detection point where the reaction reaches a fluorescent intensity above background levels and the Ct value is the PCR cycle number at which your sample’s reaction curve intersects the threshold line.

    How it relates to infectivity is the graph on my post....
    Thanks.
     
    • Like
    Reactions: imhotep